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污染防治是全面建成小康社会三大攻坚战之一，《意见》在这一方面做出了重点部署，明确提出要推进污染防治取得更大成效。
《意见》明确，这方面的工作由15个部门具体负责，具体包括生态环境部、国家发展改革委、国家能源局、科技部、工业和信息化部、公安部、财政部、自然资源部等。
国务院关于落实《政府工作报告》
重点工作部门分工的意见
国发〔2018〕9号
（七）继续破除无效供给。坚持用市场化法治化手段，严格执行环保、质量、安全等法规标准，化解过剩产能、淘汰落后产能。今年再压减钢铁产能3000万吨左右，退出煤炭产能1.5亿吨左右，淘汰关停不达标的30万千瓦以下煤电机组。加大“僵尸企业”破产清算和重整力度，做好职工安置和债务处置。减少无效供给要抓出新成效。（国家发展改革委、工业和信息化部、财政部、人力资源社会保障部、自然资源部、生态环境部、水利部、应急管理部、人民银行、国务院国资委、国家市场监督管理总局、中国银行保险监督管理委员会、国家能源局、国家煤矿安监局、全国总工会等按职责分工负责）
（十一）加强国家创新体系建设。强化基础研究、应用基础研究和原始创新，启动一批科技创新重大项目，高标准建设国家实验室。鼓励企业牵头实施重大科技项目，支持科研院所、高校与企业融通创新，加快创新成果转化应用。国家科技投入要向民生领域倾斜，加强雾霾治理研究，推进癌症等重大疾病防治攻关，使科技更好造福人民。（科技部、国家发展改革委、教育部、工业和信息化部、财政部、国务院国资委、生态环境部、国家卫生健康委员会等按职责分工负责）
（二十）健全生态文明体制。改革完善生态环境管理制度，加强自然生态空间用途管制，推行生态环境损害赔偿制度，完善生态补偿机制，以更加有效的制度保护生态环境。（生态环境部、国家发展改革委、科技部、工业和信息化部、司法部、财政部、自然资源部、住房城乡建设部、水利部、商务部、人民银行、国家市场监督管理总局、国家能源局、国家林业和草原局等按职责分工负责）
（二十三）推进污染防治取得更大成效。巩固蓝天保卫战成果，今年二氧化硫、氮氧化物排放量要下降3%，重点地区细颗粒物（PM2.5）浓度继续下降。推动钢铁等行业超低排放改造。提高污染排放标准，实行限期达标。大力发展清洁能源。开展柴油货车、船舶超标排放专项治理，继续淘汰老旧车。深入推进水、土壤污染防治，今年化学需氧量、氨氮排放量要下降2%。实施重点流域和海域综合治理，全面整治黑臭水体。加大污水处理设施建设力度，完善收费政策。加强固体废弃物和垃圾分类处置，严禁“洋垃圾”入境。（生态环境部、国家发展改革委、国家能源局、科技部、工业和信息化部、公安部、财政部、自然资源部、住房城乡建设部、交通运输部、水利部、农业农村部、商务部、海关总署等按职责分工负责）
加强生态系统保护和修复，全面划定并严守生态保护红线，完成造林1亿亩以上，耕地轮作休耕试点面积增加到3000万亩，加强地下水保护和修复，扩大湿地保护和恢复范围，深化国家公园体制改革试点。严控填海造地。严格环境执法和问责。要携手行动，建设天蓝、地绿、水清的美丽中国。（生态环境部、国家发展改革委、财政部、自然资源部、住房城乡建设部、水利部、农业农村部、国家林业和草原局等按职责分工负责）